フィョードル様はお医者様

孤児院を追放され、ヨコハマを放浪する少年・中島敦は鶴見川で入水していた太宰治を助ける。それをきっかけに敦は太宰が所属する異能集団・武装探偵社が追う「人食い虎」の捜索を手伝うことになり、太宰と共に虎の出現を倉庫で待つことになる。そのとき、太宰は敦こそが虎の正体だと告げる。実は敦は無意識のうちに異能力、「月下獣」で虎に変身して徘徊しており、それゆえに孤児院を追い出されていたのだ。敦は自分の能力を制御出来ず、虎に変身して、太宰に襲いかかるが、太宰は相手の能力を無効化する異能力「人間失格」を発動して、敦を鎮静化させ、さらに敦が武装探偵社に入社出来るよう尽力する。
入社試験を経て武装探偵社に入社した敦だったが、なぜか海外の異能者団体から莫大な懸賞金が敦にかけられていた。ヨコハマの港を縄張りにするポートマフィアの構成員芥川龍之介はその懸賞金目当てに敦を執拗に狙うが、部下の泉鏡花の裏切りもあって、敦に逃げられてしまう。
第二期(アニメ) 太宰治と黒の時代
今から4年前。ポートマフィア最下級構成員の織田作之助は、ポートマフィア幹部・太宰治、ポートマフィア情報員・坂口安吾とともに、バーで飲みながら、いつもの夜を過ごしていた。しかし、その日を最後に安吾が消息を絶つ。織田作は、ボス・森鷗外から直々に命令を受け、安吾捜索に乗り出す。同じ頃、海外の犯罪組織「ミミック」が入国し、その後ミミックの迎撃の命令が下される。織田作は、養っていた孤児たちを目の前で殺され、一人で敵陣へ乗り込む。しかし、それは、森の策略で、ポートマフィアが特務課と取引をし、異能開業許可証を手に入れるためだった。織田作はミミックの首領であるアンドレ・ジイドとの戦いの末、特異点を発生させるが相討ちになり、太宰に人を助ける側になれと言い残し死亡。ミミックとの抗争は幕を下ろした。
第二期(アニメ)
芥川が敦の身柄を確保することに失敗したことを知った組合（ギルド）団長、フランシス・スコット・キー・フィッツジェラルドは自らヨコハマに乗り込み、敦の身柄と願いをかなえる「本」を手に入れるため、横浜を完全に廃墟とする計画を実行に移す。ヨコハマを守るため、武装探偵社とポートマフィアは一時的に手を結び、敦と芥川がフィッツジェラルドに立ち向かう。圧倒的な戦闘能力を誇ったフィッツジェラルドだったが、2人の攻撃でバランスを失い、空中要塞白鯨から落下して行方不明となる。さらに鏡花の捨て身の攻撃で白鯨も横浜の市街地から離れた海に落下する。
第三期(アニメ)太宰、中也、15歳
今から8年前。森鷗外は、先代ボスを殺める。その時、遺言の証言者としてその場にいたのは、太宰治だった。それから1年。今から7年前。ヨコハマの擂鉢街で、先代ボスが現れたという情報を耳にしたポートマフィアボス・森鷗外は、15歳の少年・太宰治に調査を命じる。太宰は擂鉢街に出向き、調査を進めるが、そんな彼に「羊の王」・中原中也が襲いかかる。「アラハバキ」について話せと言う中也。しかし二人は、突如爆発に巻き込まれる。太宰がその中で見たのは、先代ボスの姿だった。太宰と中也は、先日同じ爆発に巻き込まれたというポートマフィアの森派・蘭堂の元へ向かう。しかし、自分が見たのは先代ではなく、アラハバキだったと証言する蘭堂。そこから二人は、黒幕は蘭堂であると推理する。蘭堂は自身の異能で先代を使役していた、異国からの諜報員・アルチュール・ランボーだった。そして、中也はアラハバキそのものであり、ランボーが中也を外の世界に出したことも判明。ランボーと先代、太宰と中也で戦いを繰り広げ、結果的に、太宰と中也がランボーを殺害し事件は幕を閉じた。そして、中也は圧倒的な戦闘能力とポートマフィアと事件を追っていたがために羊の仲間たちから不信感を抱かれ、ポートマフィアに入ることになる。
第三期(アニメ)
死の家の鼠頭目フョードル・ドストエフスキーは崩壊した組合の資産を強奪すると同時に、武装探偵社・ポートマフィアを共に殲滅させるための計画を実行に移し始めていた。彼の計画により、武装探偵社とポートマフィアは全面抗争に突入する。抗争は、夏目漱石によりもたらされた情報により死の家の鼠の異能者を逮捕し、さらにフィッツジェラルドの協力によりドストエフスキーを逮捕したことで終結した。
第四期(アニメ)
異能特務課に研究のため一頁だけ切り取られて保管されていた白紙の文学書の力により、武装探偵社は犯罪組織、天人五衰に仕立てあげられる。福沢・太宰は逮捕され、他の社員も軍警に追われる中で一時はばらばらになるが、乱歩の活躍と探偵社を信じた人間の協力によって再集結を果たし、真の天人五衰の計画を知ってそれを阻止する為に動き出す。異能刑務所ムルソーに収監された太宰は、同じく収監されていたドストエフスキーと頭脳戦を繰り広げる一方、天人五衰の一人であるシグマが運営する天空カジノに侵入した敦達は、軍警特殊部隊の猟犬からカジノを守ろうとするシグマを救い出すも、突如現れたホーソーンにシグマは撃ち落とされ、彼の確保に失敗した。
第五期(アニメ)

• 乱歩は猟犬隊長の福地桜痴に協力を仰ぐが、福地こそが天人五衰の首領であり、敦と、太宰の指示で同じ船に潜入していた芥川は、福地に戦いを挑む。福地を後一歩まで追い詰めたところで芥川が斬られ敦は何とか逃走するも、残る天人五衰のメンバーであるブラム・ストーカーの異能で、世界中に吸血種化した人類が送り込まれ、世界は混乱と疑心暗鬼に陥る。精神支配の異能兵器《大指令》によって吸血種化した軍隊を操ろうとする福地と、それを阻止すべく探偵社が空港で戦闘を繰り広げる中、たまたま居合わせた文はブラムから真相を聞き彼を連れて逃走を図るも、吸血種化した芥川に見つかり、敦達を誘き寄せる罠として管制塔に放置される。そんな中、一騎打ちの末に福沢を倒した福地は遂に《大指令》を使用し世界各地で吸血種軍による軍事行動が開始される。しかし福沢が隙をついて福地に一太刀を浴びせ《大指令》を奪って停止命令を発出、同時に文が命懸けでブラムに刺さる聖剣を抜いたことで吸血種を操る権能を取り戻したブラムと乱歩が交渉したことで、吸血種による世界侵攻は阻止される。福地の真の目的は「平和」だと言い当てた福沢は、福地に彼自身を斬るよう頼まれるも思い切れないまま、燁子が福沢の代わりに福地を殺し事件は終結した。
  その頃
  主人公は体調を崩して近くの病院へそこにはイケメンドクターのフィョードル様がいた。実はフィョードル様は天人五衰という犯罪組織の一員、彼は異能者を探すため医者のフリをしている